Die Kehrichtentsorgung in Böbikon ist Gebührenpflichtig. Für den Hauskehricht sind die offiziellen Kehrichtsäcke zu verwenden. Ihr Verkaufspreis enthält die notwendige Gebühr (Sackgebühr). Grosse Gegenstände sind mit einer Gebührenmarke versehen der Kehrichtabfuhr mitzugeben.
Altglas, Weisblech, Aluminium sowie alte Kleider können in den entsprechenden Containern bei der Entsorgungsstelle unterhalb des Mehrzweckgebäudes entsorgt werden.
Grüngutentsorgung
Beim Entsorgungsplatz unterhalb der Mehrzweckhalle wird eine Mulde gestellt. Die Mulde ist gedeckt.
Die Altpapiersammlung wird zweimal jährlich durchgeführt, im Frühling separat und im Herbst gleichzeitig mit der Sperrgut- und Alteisenabfuhr sowie dem
Auf dem Gelände der alten Kläranlage in Lengnau wurde in den Jahren 2007-2008 die regionale Kadaversammelstelle gebaut. Seit Ende April 2008 können die Tierkadaver dort entsorgt werden.