Böbikon liegt im Norden des Kantons Aargau ca. 6 km entfernt von Bad Zurzach. Die Rheintalstrasse zwischen Basel und Winterthur ist mit dem Auto innert weniger Minuten zu erreichen. Durch den Regionalbus Zurzach (RBZ), welcher zwischen Bad Zurzach, Rekingen, Baldingen und Böbikon verkehrt, ist Böbikon auch mit den öffentlichen Verkehrmitteln zu erreichen.